O duelo de formatura começa! Neos contra Horus, o Dragão da Chama Negra: O Duelo de Graduação na Academia de Duelos começa e Jaden está sendo inundado de desafios para o Duelo. Então, Sorano, uma talentosa aluna do segundo ano do Dormitório Azul, o desafia. Enquanto isso, Axel fica sabendo de um desastre em Domino City, porque Trueman emergiu das sombras e está pronto para colocar seu plano em ação.
